A paróquia São Francisco Xavier, de Santa Clara do Sul, está localizada na região baixa do Vale do Taquari, região central da Diocese. Pertence à Comarca Eclesiástica de Lajeado.

Encontramos na história daquele lugar que a Fazenda Santa Clara foi colonizada por Antônio Fialho de Vargas em 1869. Posteriormente, quando começaram a serem abertas as primeiras clareiras na mata estabeleceram-se as famílias de Antônio Kunz, Viúva Scheibler, Jacó Lenhandt, André Koehnlein, Felipe Schäeffer, Pedro Weber, Martin Reis, Carlos Pietchmann, José Schwertner e Jacó Kaiser. O nome Santa Clara é uma homenagem a Clara, uma das filhas de Antônio Fialho de Vargas. Nesses primeiros tempos, quem dispunha de locomoção ia assistir a Missa dominical em Estrela. Os outros tinham que se contentar em fazer sua devoção dominical na casa de Guilherme Werlang. Distantes da escola, distantes da Igreja, distantes de uma casa comercial, enfim, distantes do mundo, os colonos tentavam construir uma vida à parte, no mais completo abandono social, religioso e cultural, faltando mantimentos, utensílios, caminhos e veículos de transporte. Estes obstáculos, contudo, jamais fizeram com que os santaclarenses esmorecessem na religião, tanto é que em 03/12/1881 inauguraram sua primeira escola-capela. Era nesse pequeno e rústico templo que os jesuítas de Estrela, na medida de suas possibilidades, vinham rezar a Santa Missa, embora já tivessem feito antes, na moradia de Guilherme Werlang. Em 1896 foi preciso construir uma nova capela, pois a primeira já estava ficando pequena. Naquele tempo o atendimento já era feito por Lajeado, tal como vinha acontecendo desde 1883. O ano de 1895 foi o último ano da Revolução Federalista, onde dois grupos opostos lutavam entre si. Eram os Maragatos (insatisfeitos com a situação de exploração), e os Legalistas (que defendiam o governo). Santa Clara era do partido Legalista e os maragatos ameaçaram atacá-la.

Chefiados por José Diehl, os santaclarenses tiveram tempo de se organizar para repelir o prometido ataque dos Maragatos. Quando os Maragatos vieram em 28/05/1895 foram rapidamente derrotados. Em 01/10/1916 foi solenemente benzida a atual Igreja Matriz que, naquela época, era uma das maiores do Estado.

A paróquia São Francisco Xavier, de Santa Clara do Sul, foi oficialmente criada em 10/01/1929 e seu primeiro pároco foi o Pe. Pedro Henrique Vier. 

As pastorais sociais promovem feira de Roupas três vezes por ano e também fazem doações aos mais necessitados.

Como destaque desta paróquia acontece anualmente a festa do padroeiro São Francisco Xavier: a Franziskusfest.