A paróquia Santos Mártires das Missões está localizada no bairro de Linha Santa Cruz, cidade de Santa Cruz do Sul, vale do Vale do Rio Pardo. Pertence à Comarca Eclesiástica de Linha Santa Cruz. 

Dentro do seu território estão também o Seminário São João Batista, a Casa Amparo Fraterno, a APRES (sede social dos Padres) e o aeroporto Luiz Beck da Silva. É em Linha Santa Cruz que acontece, anualmente, a Romaria da Santa Cruz.

A população da paróquia, estimada em aproximadamente 11 mil habitantes, é majoritariamente de origem alemã, sendo que 80% professa a fé católica. Além da sede, existem oito comunidades, sendo que duas delas também estão passando por um progressivo processo de urbanização (Linha João Alves e Pinheiral). Na paróquia existem, hoje, 21 loteamentos. No interior, as principais culturas agrícolas são fumo, arroz e hortaliças. Além disso, existem alguns produtores de leite. A maioria dos agricultores também tem suas plantações de subsistência (feijão, milho, batata, aipim, amendoim) e criam alguns animais para o consumo próprio.

No território da paróquia existem, hoje, nove templos católicos, cinco da IECLB e um da Assembleia de Deus. Existem cinco escolas até o nono ano e duas até o 5º ano.

Registra a história que a ocupação da região começou com as trilhas indígenas da aldeia de São Nicolau, Rio Pardo, que por ali passavam para buscar a erva-mate nos matos de Monte Alverne. Mais tarde o governo imperial aproveitou a trilha para abrir uma estrada que passa pelo cerro divisor das águas dos rios Pardinho e Taquari Mirim até suas nascentes no Paredão. 

Foi na margem desta estrada que, em 19 de dezembro de 1849, os primeiros doze imigrantes alemães fixaram residência (oito eram católicos e quatro evangélicos luteranos). A região passou a ser conhecida como Alte Pikade ou Picada Velha. Registra-se que foi em Linha Santa Cruz que teve início a colonização de Santa Cruz do Sul.

O atendimento religioso dos primeiros moradores católicos era feito pelos padres de Rio Pardo, sendo que no dia 02 de agosto de 1854 foi rezada a primeira missa na atual localidade de Boa Vista, onde ainda hoje é conservado uma cruz e um monumento.

Em 1860, com a criação da paróquia São João Batista de Santa Cruz do Sul, o atendimento religioso pas¬sou a ser confiado a esta paróquia.

 A primeira escola/capela de Linha Santa Cruz foi construída em 1853. Em 1909 foi erguida a segunda capela/escola que ainda hoje abriga a Escola Afonso Pedro Rabuske.

No dia 31 de dezembro de 1945, Linha Santa Cruz foi elevada à condição de paróquia, tendo sido nomeado para pároco o Pe. Inácio Eidt, natural da localidade. Logo iniciaram as obras da atual igreja matriz, que foi inaugurada no dia 11 de outubro de 1950, com a benção de Dom Vicente Scherer.

Fato importante para a paróquia foi a criação da Diocese de Santa Cruz do Sul, com a nomeação de Dom Alberto Etges, filho de Boa Vista, para ser o primeiro bispo de Santa Cruz. 

Com a canonização dos Três Mártires Riograndenses em 1988 a paróquia passou a se designar como Paróquia dos Santos Mártires das Missões.