A paróquia São Nicolau, de Rio Pardo, está localizada na região do Vale do Rio Pardo, região sul da Diocese. Pertence à Comarca Eclesiástica de Rio Pardo. 

Um pouco mais além de Ramiz Galvão, em Rio Pardo, havia a Aldeia de São Nicolau, criada em 1751. No início, alguns padres, fugitivos das reduções jesuítas, aldearam alguns índios naquele lugar. Daquela aldeia os padres iam, pelo rio, até Gravataí, onde atendiam a então Aldeia dos Anjos. O Pe. Francisco Fernandes, jesuíta, morou na sacristia da Capela São Nicolau de 1758 até 1765. Ainda encontra-se enterrado do lado da Igreja. 

Em 1762, quando a comunidade Nossa Senhora do Rosário foi elevada a categoria de freguesia, a Aldeia de São Nicolau passou a ser uma das capelas daquela paróquia. E assim permaneceu até 1961 quando a Capela de Santo Amaro também foi canonicamente instituída como paróquia, mas com o nome de Paróquia São Nicolau de Rio Pardo, embora a comunidade da matriz continue tendo como padroeiro a Santo Amaro. 

O decreto que criava a paróquia foi expedido no dia 18/01/1961. O primeiro pároco foi o próprio Pe. José André Petter, nomeado pároco em 06/12/1960, antes mesmo que a paróquia fosse criada. 

Mas a Igreja de Santo Amaro, localizada primeiramente na Avenida dos Amarães, nº 552, não comportava mais o número de fies, havendo a necessidade da construção de uma Igreja Matriz maior. 

Foi doado pelo Instituto Educacional de Menores um terreno para a construção da atual Igreja Matriz Santo Amaro, situada na Avenida dos Amarães, nº 975. Aos fundos fica a Casa Paroquial e a Secretaria Paroquial. 

Na época houve uma grande polêmica para decidir qual seria o Padroeiro da Paróquia. Ficou estabelecido, por votação, que o padroeiro seria São Nicolau, embora a Igreja Matriz fosse dedicada a Santo Amaro. Ela fica numa localização mais apropriada para o atendimento das pessoas. 

A bênção da pedra fundamental da Matriz foi realizada no dia 08/09/1963. As obras só iniciaram em 04/04/1964. Em 15/01/1967 foi inaugurada a nova Matriz.

Próximo à sede da Paróquia foi construído em 1963 um Seminário da Congregação da Sagrada Família.

Em 1974 foi construída a atual Casa Paroquial pois, até então, os Padres  moravam ora no Instituto Educacional de Menores, ora no Seminário Sagrada Família. Em 1989 o seminário encerrou suas atividades e o seminário (atualmente chamado “Casa Jesus, Maria, José”) foi entregue à Diocese de Santa Cruz do Sul e atende projetos sociais. 

Os padres da Sagrada Família atuaram na paróquia São Nicolau, de 1966 a 2000. Até 2013 assumiu a paróquia a FABEN (Fraternidade Apostólica da Boa Nova). Atualmente assumiram a paróquia os padres diocesanos.