No dia 20 de junho de 1959, o Papa João 23 assinou o Decreto de Criação da Diocese de “Santa Cruz do Brasil”. Para tal foram desmembrados da Arquidiocese de Porto Alegre “os municípios de Santa Cruz do Sul, Lajeado, Rio Pardo, Venâncio Aires, Vera Cruz, Encruzilhada do Sul, Arroio do Meio, Candelária, Encantado e Arvorezinha”. Cinco meses depois, no dia 15 de novembro de 1959, Dom Alberto Frederico Etges assumiu “como primeiro Bispo de Santa Cruz do Brasil, recebendo o governo e a administração tanto das coisas religiosas como dos bens temporais”.

De lá para cá passaram 60 anos. Dom Alberto ficou no governo da Diocese até 1986. Foi substituído por Dom Sinésio Bohn que ficou até 2010. Veio Dom Canísio Klaus que ficou até janeiro de 2016, quando foi nomeado Bispo da Diocese de Sinop-MT. Em seu lugar veio Dom Aloísio Dilli que, com seus 71 anos, governa e administra “as coisas religiosas e os bens temporais da Diocese”. 

Para relembrar a data, dividimos a os 60 anos de história em 6 períodos de 10 anos.

A par das várias atividades pastorais, ponteadas pela Ação Católica, pela Frente Agrária Gaúcha (FAG) e pelo Concílio Ecumênico Vaticano II, do qual Dom Alberto participou, era necessário construir um Seminário Menor. Para tal foi adquirida uma área em Linha Santa Cruz, sendo que no dia 8 de março de 1964 foi lançada a pedra fundamental e no dia 1º de março de 1968 foram acolhidos os primeiros alunos no que é, hoje, o Seminário São João Batista. A comunicação do Bispo com o povo era feita através de Cartas Pastorais e da visita direta aos padres. As vocações começaram a florescer.

Passados 10 anos de criação da Diocese, o ardor inicial começou a esvaecer. Era preciso algo novo. E foi assim que a Diocese começou a investir na organização administrativa e pastoral. Em 1973 foi aprovado o 1º Plano Diocesano de Pastoral Orgânica. Iniciaram os cursos de animadores de comunidade e as escolas de catequese. Em 1976 foi realizada a 1ª Romaria ao Santuário de Schoenstatt e em 1978, a Diocese enviou o 1º padre (Silvino Hammes) para a Igreja Irmã de Diamantino-MT. Em outubro de 1974 foi fundado o Boletim Diocesano, que posteriormente se transformou em Jornal Integração e é a atual “Revista Integração”. Foi neste período que vieram os 1ºs movimentos de espiritualidade: Cursilho, Schoenstatt e RCC.

Os tempos eram de mudança. O povo queria um governo civil, eleições diretas e uma Assembleia Constituinte. As greves borbulhavam por toda parte. Em 1981 foi promovido o “Tempo de Escutar o Povo”. Em 1984, na celebração dos 25 anos de criação da Diocese acontecida no Estádio dos Plátanos, originou-se uma polêmica que repercutiu em Roma, acusando um grupo de padres de haverem pisado na cruz. As pastorais sociais se multiplicaram. Em 1987 foram criados os centros de pastoral da juventude e vocações. No mesmo período foi iniciada uma promissora experiência de formação inter-congregacional junto com os seminaristas franciscanos e as juvenistas da Divina Providência. Logo depois foram criados o Centro Diocesano de Formação e o Centro de Pastoral no Mundo do Trabalho.

A década iniciou com a Romaria da Terra em Herveiras (fevereiro de 1990) e o Encontro Estadual de CEBs em Venâncio Aires (dezembro de 1990). Em agosto de 1990 começou o 1º Curso de Teologia para Leigos em Santa Cruz do Sul. Em 1991, aproximadamente mil pessoas se reuniram numa grande assembleia de pastoral em Lajeado. Em 1994 aconteceu o 1º assentamento de agricultores sem terra em Encruzilhada do Sul. A assembleia de 1995 refletiu sobre o ser da Igreja na cidade. Foram organizadas oito mesas redondas e a UNISC realizou uma pesquisa qualitativa e quantitativa. Junto com a Assembleia também começou o Curso Básico de Formação em Venâncio Aires que, posteriormente, se estendeu a Santa Cruz do Sul e Lajeado. Em 1999 aconteceu a 1ª Escola Diocesana de Diáconos, coordenada pelo Pe. Marcelino Sivinski, que resultou, entre outros, na ordenação dos diáconos Lindor Baron, Renê Hoff, Rui Mendes e Moacir Thomé.

A virada do milênio foi marcada por missões populares nas paróquias da Diocese, animadas pelos padres e agentes locais. No dia 15 de setembro de 2002 foi realizada a 1ª Romaria da Santa Cruz, que coincidiu com o jubileu episcopal de Dom Sinésio Bohn. No dia 24 de maio de 2009, a Diocese acolheu a Jornada Estadual de Catequistas. Para marcar o jubileu dos 50 anos de Diocese, em 2009, Dom Sinésio celebrou missa em todas as igrejas matrizes e a coordenação de pastoral realizou encontros com as lideranças nas paróquias. Na culminância, o Núncio Apostólico Dom Lorenzo Baldissera fez uma apresentação de piano na UNISC e presidiu a missa na catedral São João Batista nos dias 14 e 15 de novembro. Era o prenúncio da despedida de Dom Sinésio como Bispo Diocesano.

Em maio de 2010, o Papa Bento XVI aceitou a renúncia de Dom Sinésio Bohn e nomeou Dom Canísio Klaus para o seu lugar. O período foi marcado pela organização do setor administrativo, rearticulação da Pastoral Vocacional e implantação da Pastoral Familiar. Em 2014, em parceria com a Escola Superior de Teologia Franciscana (ESTEF), iniciou o Curso de Teologia Popular em Santa Cruz do Sul, Encantado e Encruzilhada do Sul. Posteriormente foi levado para Arroio do Meio, Venâncio Aires e Amaral Ferrador. Em 2016, Dom Canísio foi transferido para Sinop-MT e, em seu lugar, veio Dom Aloísio  Dilli. No mesmo ano, a 12ª Assembleia Diocesana de Pastoral assumiu a “Iniciação à Vida Cristã na perspectiva de uma Igreja Samaritana” como diretriz para a pastoral até 2021. Em 2018, no Seminário São João Batista, iniciou o Seminário Propedêutico Interdiocesano, com a participação de alunos das dioceses de Cachoeira do Sul, Santa Maria, Cruz Alta, Santo Ângelo e Santa Cruz do Sul. Em dezembro do mesmo ano, 23 alunos concluíram a formação na Escola Diocesana de Diáconos, habilitando-se para a ordenação. Em 2019, foram formadas 800 catequistas do Batismo.